A ESE João de Deus oferece um leque diversificado de cursos de mestrado, acreditados pela A3ES — Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior. Entre eles estão os Mestrados Profissionalizantes, que preparam os estudantes para a docência em Educação Pré-Escolar e nos 1.º e 2.º Ciclos do Ensino Básico. Além disso, a ESEJD disponibiliza um Mestrado em Ciências da Educação na Especialidade de Supervisão Pedagógica, oferecendo uma formação avançada e especializada para educadores e profissionais da área da educação.
Os cursos de mestrados profissionalizantes da ESEJD, foram criados pelo Decreto-Lei n.º 74/2006, de 24 de março, alterado pelo Decreto-Lei n.º 79/14, de 14 de maio, que regula a habilitação obrigatória para a docência em Educação Pré-Escolar, 1.º e 2.º Ciclos do Ensino Básico.
Desenvolvimento do conhecimento científico no domínio da Educação, com particular incidência na área da Supervisão Pedagógica, contribuindo para o aprofundamento das competências adquiridas em percursos académicos e profissionais anteriores, nomeadamente no âmbito da investigação, da reflexão crítica e do exercício profissional.
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