A Escola Superior de Educação João de Deus oferece um leque diversificado de cursos de mestrado, acreditados pela A3ES — Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior. Entre eles estão os mestrados profissionalizantes, que preparam os estudantes para a docência em Educação Pré-Escolar e nos 1.º e 2.º Ciclos do Ensino Básico. Além disso, a ESEJD disponibiliza um mestrado em Ciências da Educação na Especialidade de Supervisão Pedagógica, oferecendo uma formação avançada e especializada para educadores e profissionais da área da educação.